日ごろから、児童生徒の原籍校と連携し、授業の進度や教材の確認などを行って、児童生徒が退院後、スムーズに復学できるようにしています。中学部では、原籍校の考査問題を事前に受け取り、同じ日程時程でテスト監督のもと、厳正に受験します。回答はそのまま原籍校に戻し、原籍校で成績をつけていただくようになっています。特に、中学3年生は、進路指導に関わる重要な時期ですから、原籍校との丁寧なな連携はとても重要です。原籍校のスケジュールにあわせているので、違う学校からきている生徒や小学部は、通常の授業を行っています。すべての分教室で行っており、羽曳野支援学校ならではの光景です。
